Hija de la escritora Mary Lavater-Sloman y su marido el ingeniero Emil Lavater, pasó los primeros nueve años de su vida con sus padres en Moscú y Atenas, antes de volver en 1922 a Winterthur, Suiza. Warja estudió diseño gráfico en la Kunstgewerbeschule Zürich y ejerció esta profesión junto con su marido Gottfried Honegger durante muchos años. Entre otras cosas, creó el logo para un banco Suizo (las tres llaves) y para la Exposición Nacional Suiza en 1939. Una estancia de dos años (1958 – 1960) en Nueva York fue decisiva para su actividad artística. Las señales publicitarias las señales de las calles de Nueva York la animó a usar pictogramas como elementos pictóricos y crear su lenguaje propio para contar sus historias.  En 1962, a instancias de su director Alfred Barr, el Museum of Modern Art publicó el leporello Wilhelm Tell, en el que Warja Lavater cuenta una historia con símbolos y formas abstractas.
Sus trabajos posteriores (por ejemplo sus leporellos de los cuentos clásicos) publicó en colaboración con el editor parisino Adrien Maeght y el tipógrafo Rudolf Indlekofer de Basilea. Warja vivió y trabajó entre Paris y Zürich, donde se murió en 2007. El patrimonio artístico de Warja Lavater se puede encontrar en la colección gráfica de Zentralbibliothek Zürich.